寺乃五代时僧清浩所建，称泗州寺。宋治平间(1064—1067)重建，改名普照寺。元至正间
(1341—1368)废。明洪武间(1368—1398)，僧觉光重建，常住僧众达百余人。明末寺毁于火
。清康熙二十二年(1683)施琅率师收复台湾，得胜归来，遂在普照寺的旧基重建佛刹。因以
奉祀观世音菩萨为主，且又地处浙江定海普陀山之南，故改称为南普陀，香火极盛。
雍正间(1723—1735)，漳州南山寺亘信行弥的后代法孙、临济宗南山喝云派的景峰住持南普
陀寺，对寺多有兴建。道光十三年(1833)，景峰三传弟子省己募缘重修，寺主体为大悲阁，
四周环以廊庑，再配以钟鼓二楼。光绪二十一年(1895)，喝云派南山寺佛日的法嗣喜参任住
持，继续兴建，恢复七堂，并二度开坛传戒。1921年，喝云派下的转逢出任住持。1924年，
转逢革除南普陀寺旧有的寺院承袭法嗣的陈规，将寺改为十方丛林；并制定了《十方选贤规
约二十则》，选举德才兼备的僧人担任方丈，每任三年。同年会泉当选为南普陀寺以选举方
式产生的首任方丈。1925年，会泉和转逢两法师创办闽南佛学院，太虚法师任院长。至1937
年止，共毕业学僧200余人，成为中国著名佛教学府。1927年后选举的方丈有太虚、常惺、
会泉(第二次当选)、觉斌、块然等。
1934年，弘一、瑞今两法师创办了佛教养正院。1937年，寺内驻扎国民党军队，寺产被掠一 空；端枝当家师无辜遭枪杀。后寺又遭日机轰炸，佛学院讲堂被炸毁。会泉法师南渡马来西 亚弘法。1948年南普陀寺举办传授三坛大戒法会，受戒者达千余人。
1950年后，人民政府先后拨巨款重修天王殿、大雄宝殿、钟鼓楼和大悲殿；寺僧还在寺的右 侧建般若池，在后山新建了转逢、会泉和尚纪念塔。1966年寺院与佛像被保护，未受到大破 坏。
1978年以后，在妙湛大和尚主持下重新修建南普陀寺殿宇，并新建了普同塔、海会楼、普照 楼、东西两大山门、围墙、莲花池、方丈楼、佛学院教学楼及师生宿舍。与此同时，海外侨 僧、信徒也捐建了景峰、喜参、太虚三法师纪念塔和重塑了四大天王、十八罗汉、地藏菩萨 和伽蓝菩萨等像。
1983年，被列为全国汉族地区佛教重点寺院。1985年11月10日，厦门市佛教协会召开第三届 代表会议，公推妙湛和尚为南普陀寺方丈。德高望重的妙湛大和尚为南普陀寺的复兴呕心沥 血。1995年12月19日，妙老安详示寂。
此外还有明代浙江龙泉哥窑瓷香炉、玛瑙观音以及明朝虞亭的书法等珍品。寺周围有不少摩 崖题刻，著名的有明万历二十九年(1601)陈第、沈有容的题名刻与清干隆帝的御制碑8块(汉 、满文各4块)。寺后山坡有一大石，上刻一“佛”字，系清光绪三十一年(1905)振慧所书。
『天王殿』也称弥勒殿，弥勒佛慈眉笑眼，耳垂双肩，袒胸露脐，笑容可掬，似乎对每一位 游客都表示恭候光临。
弥勒佛在印度是一尊头戴王冠、身体不胖的坐像，而在我国则成了手拿布袋体貌肥壮的光头 和尚。据说他云游各地，无忧无虑，自由自在，人们怎么逗他，他总是眉开眼笑、和善待人 。后来他在岳林寺磐石坐化，口中念念有词：“弥勒真弥勒，分身千百亿，时时示世人，世 人不自识”。
天王殿两侧是魁梧高大、英俊威武的四大天王。全身显得金碧辉煌。屋顶的剪瓷艺术，耐人 欣赏。
『大雄宝殿』是转逢和尚于1932年重建的，一座重檐歇山顶建筑，琉璃石柱，雕梁画栋，庄 严肃穆。主要供奉过去、现在、未来"三世尊佛"，中间是释迦牟尼，东边是药师佛，西边是 阿弥陀佛。
释迦佛两旁，还有两位尊者，东边是大弟子迦叶尊者，西边是堂弟阿难陀尊者，前面是千手 千眼观音。民间传说：古时有个老人，养了三个女儿，一天老人病了，需要人眼做药引子。 大女和二女都不管，而小女自愿献出自己的眼睛，治好老人的病。此事感动了释迦牟尼，便 创造了一个千手千眼观音来纪念她，并站在自己的面前。
大雄宝殿建筑，体现了“闽南佛殿”四大特点：一、墙上有“清影摇风”、“楚江秋吟”等 山水花鸟画，和“神河沐浴”、“六年苦行”等释迦牟尼诞生故事的连环画。二、屋脊是弯 月起翘、紫燕凌空，显得轻巧灵动。三、构造精巧，技艺讲究，屋脊嵌有“九鲤化龙”、“ 麒麟奔走”、“凤凰展翅”等图案，都是剪瓷镶嵌而成。四、建筑材料取材本地花岗岩、青 斗石，所有梁、柱、础、斗拱、栏干都独具特色。
『大悲殿』建于清初，被火焚烧。1930年太虚和尚重建，1962年重修。大悲殿内奉祀观音， 其余三面为48臂观音，掌中各雕一只手眼。手上持多种法器，姿态不一，各臻其妙。
大悲殿为八角三重飞檐，全以斗拱架叠建成，殿内藻井，全用木料斗拱，不用一支铁钉。仰 视藻井，别致美丽。
『藏经阁』为两层文物楼。建于1936年。楼下是法堂，是僧人讲经说法的地方。
二楼是玉佛宝殿，有缅甸玉佛28尊，并珍藏中外佛典经书数万卷。其中较为珍贵的有宋代《 碛砂藏经》，明代《大藏经》、《佛说阿弥陀经》、血书《妙法莲花经》、《日本大藏经》 等，还有唐代铜佛、宋代铜塔、明代观音菩萨施甘露像，以及高僧大德的墨宝。
